El Departamento de Pagos tiene como objetivo realizar, bajo estricto cumplimiento, el pago de los cheques a los pensionados, viudas y tutores autorizados por la Dirección Financiera y ordenados por el Presidente de la Junta de Retiro y Fondo de Pensiones de las Fuerzas Armadas.
Dentro de sus funciones está verificar que los interesados de los cheques pagados estén amparados con las documentaciones necesarias y mantener el resguardo y vigilancia de los cheques de los pensionados, viudas y tutores desde que lleguen a su dependencia hasta la entrega a los beneficiarios.